МҮБХ-ны удирдлага, түүний бүртгэлтэй холбоотой маргаан 2002 оноос эхтэй бөгөөд үүний улмаас уг асуудал хүндрэн 2018 онд улсын бүртгэлийн гэрчилгээ, тамга тэмдэг, тэргүүн хоёр талд бий болж байсан. Улмаар 2019 онд маргалдагч талууд харилцан буулт хийн эвлэрч, 2 жил гаруй хугацаанд МҮБХ-ны үйл ажиллагаагаа явуулахад тулгарч байсан хүндрэл арилсан.
МҮБХ-ны Цэцдийн зөвлөлийн хурал 2021 оны 5 сарын 15-ны өдөр болж дүрмийн дагуу Ээлжит бус Их Эеийн товыг 2021 оны 5 сарын 29-ний өдөр тогтоож, мөн өдрийн хурлаараа бүх аймгийн төлөөлөл оролцон холбооны дүрмийг шинэчлэн баталж, удирдлагаа сонгон баталгаажуулсан. Удирдлагын шинэ баг үндэсний бөхийн хөгжил, ирээдүйн төлөө зорилго, зорилт тавин ажиллаж байна.
Харин дархан аварга А.Сүхбат нь 2021 оны 5 сарын 29-нд хуралдсан Их Эе хуралдааныг хууль бус гэж үзэн, зарим бөхчүүдийн МҮБХ-ны Тэргүүнээр сонгогдох, санал өгөх боломжийг олгоогүй зэрэг үндэслэлээр тус Их Эе хурал болон МҮБХ-ны Тэргүүнээр Ц.Магалжавыг бүртгэсэн бүртгэлийг хүчингүй болгуулах тухай нэхэмжлэлийг Захиргааны хэргийн шүүхэд гаргасан, үүнд МҮБХ-г гуравдагч этгээдээр татан оролцуулах мэдэгдлийг өнөөдөр хүлээн авлаа.
МҮБХ шударга өрсөлдөөнийг бий болгох, допингийн хор хөнөөлөөс бөхчүүдийг сэргийлэх зорилгоор допингийн зөрчилд хатуу байр суурийг баримталж, үүнтэй холбоотой шийдвэрүүдийг гаргаж байгаа. Гэтэл энэ үед холбооны маргааныг дахин үүсгэх нь хэсэг бүлэг хүмүүс өөрт ашигтай байх боломж үүсэх магадлалтай хэмээн тэд арга замыг эрэлхийлж байна гэж дүгнэхээс аргагүйд хүрч байна. Ямарваа шүүхийн маргаан бүрэн шийдэгдэж дуустал багагүй цаг хугацаа шаардлагатай. Өмнө нь буюу 2018-2020 онд өрнөсөн маргааны үеэр дархан аварга А.Сүхбат хүмүүсийг зохион байгуулан Бөхийн Өргөө рүү халдаж, эд хогшил эвдэн сүйтгэж, үүний улмаас Бөхийн өргөө хаагдаж, барилдаан зохион байгуулагдах боломжгүй болж, үр дүнд нь бөхчүүд, бөх сонирхогчид болон мөнгөөр хөлслөгдөн хаалга, цонх эвдсэн залуус ял, шийтгэл аван хохирч байсан. Маргааныг аль аль талын хүчин чармайлт, хичээл зүтгэлээр шийдвэрлэсэн боловч дэлхий дахиныг хамарсан цар тахал гарч, бөхийн барилдаан зохион байгуулагдаагүй мөн л удсан. Энэ бүхний эцэст энэ намраас барилдаануудаа хэвийн явуулж эхэлсэн бөгөөд цаашдаа аль болох таслахгүй явуулах төлөвлөгөөтэй байна.
Иймд бөхчүүд, бөх сонирхогчид өөрсдийн эрх ашиг, монгол бөхийн нэр хүндийг эрхэмлэн зөвхөн өөрсдийн амин хувийн эрх ашгаар нэгдээд байгаа хэсэг бүлэг хүмүүсийн явуулга, өдөөн хатгалгад автахгүй байхыг хүсье хэмээн Монголын Үндэсний Бөхийн холбооноос мэдээллээ.
